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首先是安放,右手握住镜臂,左手托住镜座，使镜体保持直立. 桌面要清洁、平稳，要选择临窗或光线充足的地方。单筒的一般放在左侧，距离桌边3-4厘米处。
检查显微镜是否有毛病，否清洁,镜身 机械部分可用干净软布擦拭。镜筒升至距载物台1 ~ 2厘米处,低倍镜对准通光孔。调节光圈和反光镜,光线强时用平面镜,光线弱时用凹面镜,反光镜要用双手转动。将玻片放在载物台上，注意有盖玻片的一面一定朝上。弹簧夹将玻片固定。
调焦时,先旋转粗调焦旋钮慢慢降低镜筒,并从侧面仔细观察,直到物镜贴近玻片标本。若使用单筒显微镜,两眼自然张开,左眼观察标本,右眼观察记录及绘图,同时左手调节焦距,使物象清晰并移动标本视野。右手记录绘图。显微镜是人类伟大的发明之一。 在它发明出来之前,人类关于周围世界的观念局限在用肉眼,或者靠手持透镜帮助肉眼所看到的东西。
显微镜把一个全新的世界展现在人类的视野里，人们一次看到了 数以百计的“新的"微小动物和植物,以及从人体到植物纤维等各种东西的内方便就看见部构造。显微镜还有助于科学家发现新物种,有助于医生治疗疾病。
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